在武士急劇衰落但還一息尚存，而忍者已經崛起並蓬勃發展的時代，世界並不太平，殘酷的殺戮時時發生，而更大的罪惡還在醞釀
在慘烈漫長的戰國時代即將到來之際，三個嬰兒出生於大戰前夕，並陰差陽錯的糾葛在亂世，成了莫逆之交
宇智波、千手、以及漩渦與日向的混血，三個天賦異稟的天才忍者在亂世中崛起，在磨礪中不斷變強、成長
而在戰國中出生，身具宇智波與漩渦二族血脈，擁有尾獸和仙術之力的新世代鬼才忍者亦橫空出世，成為繼三個天才忍者之後的又一個天才
亂世中，因陀羅與阿修羅的轉世大放異彩，大筒木羽村與大筒木羽衣同樣亦有傳人和後代弟子在世，展現了超凡脫俗的實力
關於始祖與六道仙人的記憶還未完全消散，得益於查克拉始祖大筒木輝夜福澤的優秀忍者也多不勝數
然而，除了得益於始祖之力而到來的忍者時代，卻有四個天才忍者的能力逐漸脫離始祖的力量體係......